Im Süden beeinflusst wesentlich der Wasserstand der Donau, ihrer begleitenden Entwässerungsgräben und die Sandrach den Grundwasserstand. Steigt der Wasserstand der Donau, fließt auch weniger Grundwasser in die Donau. Bei Hochwasser fließt sogar Wasser aus den Gewässern in die Grundwasserleiter.

Die Fließrichtung des Grundwassers ist hier hauptsächlich in nordöstlicher Richtung zur Donau hin. Im östlichen Stadtgebiet (Auwaldsee) fließt das Grundwasser zum südlichen Entwässerungsgraben der Staustufe Vohburg. Das durchschnittliche hydraulische Gefälle des Grundwassers mit ca. 0,5 bis 1% ist hierbei sehr gering.

Kleinräumige Änderungen der Fließrichtungen ergeben sich durch die Sandrach, durch Regulierungsmaßnahmen der Staustufen und durch tiefgründige Bauwerke wie zum Beispiel die Schlitzwandumschließung des Monikaviertels.